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astral 在英语-中文(简体)词典中的翻译
astraladjective uk
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/ˈæs.trəl/ us
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/ˈæs.trəl/
astral adjective
(STARS)
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relating to the stars or outer space
星的;星际的;太空的
astral adjective
(FORCES)
[ before noun ] relating to forces that are not known or understood
超自然的
(astral在剑桥英语-中文(简体)词典的翻译 © Cambridge University Press)
astral的例句
astral
The astral journeys that are taken unconsciously are much less important than those undertaken with full consciousness and as a result of deliberate volition.
来自 Wikipedia
该例句来自维基百科,在CC BY-SA许可下可重复使用。
Who are unable to hear that famous astral octave because they are deaf to music?
来自 Wikipedia
该例句来自维基百科,在CC BY-SA许可下可重复使用。
Here reigns a blazing heat like in the astral desert.... and here again this longing urge he played the chromatically descending melody line...
来自 Wikipedia
该例句来自维基百科,在CC BY-SA许可下可重复使用。
Even though he controls every particle in his body, his mind exists in the astral plane.
来自 Wikipedia
该例句来自维基百科,在CC BY-SA许可下可重复使用。
There, he can use his powers to create objects, control his surroundings, and even control and destroy the astral forms of others.
来自 Wikipedia
该例句来自维基百科,在CC BY-SA许可下可重复使用。
Individuals that are trained in the use of the astral vehicle can separate their consciousness in the astral vehicle from the physical body at will.
来自 Wikipedia
该例句来自维基百科,在CC BY-SA许可下可重复使用。
In this model, bodies and signals transferring through the neurons connections represent a physical body, and virtual connections between neurons are representing an astral body.
来自 Wikipedia
该例句来自维基百科,在CC BY-SA许可下可重复使用。
Her nature is also destructive to psionic and astral projections rendering her resistant to telepathic intrusion.
来自 Wikipedia
该例句来自维基百科,在CC BY-SA许可下可重复使用。
示例中的观点不代表剑桥词典编辑、剑桥大学出版社和其许可证颁发者的观点。
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astral的翻译
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/ˈvedʒ.i ˌbɜː.ɡər/
US
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/ˈvedʒ.i ˌbɝː.ɡɚ/
a type of food similar to a hamburger but made without meat, by pressing together small pieces of vegetables, seeds, etc. into a flat, round shape
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2019-05-21-多基因联合建树软件astral方法 - 简书
-05-21-多基因联合建树软件astral方法 - 简书登录注册写文章首页下载APP会员IT技术2019-05-21-多基因联合建树软件astral方法曾杰_788c关注赞赏支持2019-05-21-多基因联合建树软件astral方法descriptionastral是基于java开发的根据一组无根的genetrees建立speciestree。
tutorial steps
installation
运行astral不需要安装,但是需要在java环境下运行。
命令行运行astral
astral没有图形界面,需要在命令行下运行。
java -jar astral.5.5.1.jar
运行后可以看到astral的options。如果运行没有错误,说明安装成功了。
用astral运行一个简单的数据
java -jar astral.5.5.1.jar -i test_data/song_mmammals.424.gene.tre
-o 输出
java -jar astral.5.5.1.jar -i test_data/song_mmammals.424.gene.tre -o test_data/song_mammals.tre
输入文件是含有所有genetrees的Newick格式的文件。输入的genetree被当做unrooted tree,不管他们是否有根。astral的输出也是被当做unrooted tree。输入的genetree支持多分支。
astral 结果查看
输出的结果是Newick格式,可以用很多软件查看。
branch length and support
astral测量branch length 是用coalscent units。不是我们通常认为的boostrap value
1.astral 只测量internal branches 不测量terminal branches
2.branch lengthes 是直接测量genetree的不一致性,有可能因为统计噪音被低估。
3.support value 测量quadriparition的support而不是通常的bipartion(二分位)。(astral 认为自己的support value 比boostrap value 可信度更高。)
scoring a species tree
-q参数
得到的是quartet score 和branch length 和 branch support values。0.9表示genetree产生的quartet tree的90%存在于species tree中。为树打分的命令如下:
java -jar astral.5.6.3.jar -q test_data/simulated_14taxon.default.tre -i test_data/simulated_14taxon.gene.tre -o test_data/simulated_scored.tre 2> test_data/simulated_scored.log
与simulated_14taxon.gene.tre进行比较后,会为物种树simulated_14taxon.default.tre打分。
image.png
表示来自genetree的4803个quartet trees存在于species trees中。4803个quartet trees占所有的quartet trees的47.98%。这个数据集的ILS水平很高。导致这个结果,也就是genetree和species tree的不一致性很高。
extensive branch annotations
当你得到一个species tree或者用-q参数为树打分,你将会得到每一个分支的branch length 和local posterior support 。除了这些默认的参数,还可以输出其他branch 信息。无根树的每一个branch都有四组。分别是first child (L), the second child (R), the sister group (S), and everything else (O)。两两配对,可以得到三种拓扑结构。其中一种就是当前树的拓扑结构。剩下的就是可选的两种拓扑结构。astral可以不仅仅得到当前树的local posterior probability,也能计算剩下的两种拓扑结构的。-t 参数
-t 0 :关掉当前的posterior probability。
-t 1:local posterior probability 如果你想知道genetree中的quartet占branch的多少。就可以使用这个参数。用这个测定quartet support。quartet score 是测量基因树与分支冲突的好办法。
-t 4:输出3个local posterior probability,就是前文说的三种拓扑结构。
-t 2:当你使用这个参数,许多分支都会得到很多测量。
q1,q2,q3:分别展示了main topology,和另外两种拓扑结构的quartet support。
f1,f2,f3:分别展示main topology 和另外两种拓扑结构的quartet trees的总数。
pp1,pp2,pp3分别展示了main topology 和另外两种拓扑结构的local posterior probability
QC:展示了每一个分支下的quartets 的总数。
EN:branch的有效的genes。如果不存在missing data的时候,这个就是出现在branch中的数目。如果有missing data的时候,有些genetree对branch没有任何贡献。因此,这里的genetree的number可能小于总共genes的number。
-t 8:输出q1,q2,q3
-t 10:测试,查看无效假设是否会被拒绝。
-t 16:产生.csv文件,带有quartet 频率的freqQuad.csv。
命令如下
java -jar astral.5.6.3.jar -q test_data/1kp.tre -i test_data/1KP-genetrees.tre -t 2 -o test_data/1kp-scored-t2.tre
java -jar astral.5.6.3.jar -q test_data/1kp.tre -i test_data/1KP-genetrees.tre -t 4 -o test_data/1kp-scored-t4.tre
java -jar astral.5.6.3.jar -q test_data/1kp.tre -i test_data/1KP-genetrees.tre -t 8 -o test_data/1kp-scored-t8.tre
java -jar astral.5.6.3.jar -q test_data/1kp.tre -i test_data/1KP-genetrees.tre -t 10 -o test_data/1kp-scored-t10.tre
阅读几个分支给出的所有值,并理解他们。
Prior hyper-parameter(这里一节都不懂是什么意思)
用Yule prior model 计算speciestree 的branch length的local posterior probabilities 和branch lengths。Yule process的物种形成速率(in coalscent units)默认值设置为0.5,导致quartet 频率在[1/3,1]之间是平稳的。(并不理解)用-c的选项可以调节hyper-parameter。
multi-locus bootstrapping
astral 可以不通过bootstrapping输出branch support value.这种support比bootstrapping更加可靠(在作者的数据下)。尽管,你可能还是想得到bootstrapping。astral可以进行multi-locus bootstrapping。为了开展multi-locus bootstrapping,astral需要访问每一个gene的boostrap replicate trees。
例如:
你需要提供所有gene tree bootstrap replicates的位置。在测试数据中进行bootstrapping。
1.进入test_data目录
2.解压called song_mammals.424genes.bs-trees.zip.
3.然后运行
java -jar ../astral.5.6.3.jar -i song_mammals.424.gene.tre -b bs-files -o song_mammals.bootstrapped.astral.tre
然后会run100次bootstrapping。
input
1.-i 包括所有的MLgenetrees(就像不计算bootstrap也要输入的)
2.-b 告诉astral 需要计算bootstrap value。-b 后面的文件 bs-files 包含了genetree bootstrap files的文件路径,一行一个gene。例如:
424genes/100/raxmlboot.gtrgamma/RAxML_bootstrap.allbs
outputfile 包括
1.100 bootstrapped replicate trees,每一个都是对一组bootstrap gene trees进行running astral 的结果。
2.A greedy consensus of the 100 bootstrapped replicate trees; this tree has support values drawn on branches based on the bootstrap replicate trees. Support values show the percentage of bootstrap replicates that contain a branch.
3.The “main” ASTRAL tree; this is the results of running ASTRAL on the best_ml input gene trees. This main tree also includes support values, which are again drawn based on the 100 bootstrap replicate trees.(不懂)
注意:support value以百分数的形式展示。而local posterior probabilities是0-1之间的数。当astral 计算bootstrapping时,它会持续输出每一个重复的bootstrapped astral tree.因此,如果replicate 被输入成100,它将会输出100个数,然后,输出100 bootstrapped trees 的greedy consensus。(不懂)最后,它会开展主要的分析 (-i参数的文件)然后计算主要树的branch support。这个示例中就是102trees。
number of replicates
默认值是100,-r 参数可以设置任何数量的重复。但是要保证你的genetree的bootstrap file 的bootstrap replicates 要多于你的-r参数后面的设置。
gene+site resampling
astral 开展site-only的resampling,可以用-g参数。
java -jar ../astral.5.6.3.jar -i song_mammals.424.gene.tre -b bs-files -g -r 100 -o song_mammals.bootstrapped.gs.astral.tre
这时候我们需要更多的genetree replicates。如果是-g -r 100,对于某些gene那可能需要150 replicates。因为在genes resampled的时候,一些gene抽到的概率会比其他的gene更多。
gene-only resampling
astral展开gene-only bootstrapping 用--gene-only的option。这个只要one inputfile。用-i 参数就可以了,对于这个就不要使用-b参数。
java -jar ../astral.5.6.3.jar -i song_mammals.424.gene.tre --gene-only -o song_mammals.bootstrapped.go.astral.tre
由于引导涉及一个随机的过程,我们可以提供一个seed number给astral 保证重复性。seed number 可以有-s进行设置。默认的参数是692.
the search space of astral
exact version
astral 有exact 和heuristic 的version。当taxa的数目较少的时候,exact version 会节约时间。但是分类不能超过37个。
java -jar astral.5.6.3.jar -i test_data/song_primates.424.gene.tre -o test_data/song_primates.424.exact.tre -x
-x参数就是开启exact version。大约30秒。同样的,我们可以使用默认的heuristic启发式搜索法
java -jar astral.5.6.3.jar -i test_data/song_primates.424.gene.tre -o test_data/song_primates.424.default.tre
这就只有1秒,那么他们的运行结果有何不同呢?其实是一致的
example what exact helps
The default primate dataset we used in the previous step had 424 genes and 14 taxa. Since we have a relatively large number of gene trees, we could reasonably expect the exact and heuristic versions to generate identical output. The key point here is that as the number of genes increases, the probability that each bipartition of the species tree appears in at least one input gene tree increases. Thus, with 424 genes all bipartitions from the species tree are in at least one input gene tree, and therefore, the exact and the heuristic versions are identical.
We tried hard to find a subset of genes in the biological primates dataset where the exact and the heuristic versions did not match. We couldn't! So we had to resort to simulations. We simulated a 14-taxon dataset with extreme levels of ILS (average 87% RF between gene trees and the species tree). Now, with this simulated dataset, if you take only 10 genes, something interesting happens.
运行:
java -jar astral.5.6.3.jar -i test_data/simulated_14taxon.gene.tre -o test_data/simulated_14taxon.default.tre
astral.5.6.3.jar -i test_data/simulated_14taxon.gene.tre -o test_data/simulated_14taxon.exact.tre -x
image.png
image.png
这时得分会有一点不同,topology也会不同。因此,在极端的情况下(ILS水平较高,genetree错误较多或者较分类来说可用的genetrees较少比如14类群只有10个gene,较之前的424gene就是较少)。那么就可以观察到两种算法的差异。
providing astral with extra trees
为了expand search space ,运行:
java -jar astral.5.6.3.jar -i test_data/simulated_primates_5X.10.gene.tre -o test_data/simulated_primates_5X.10.species.tre -e test_data/simulated_primates_5X.10.bootstrap.gene.tre
这里的-e参数用于输入一组extra trees 用于扩展astral的搜索空间。这个文件为10个simulated genes提供了200 bootstrap replicates 。-f 用于当input tree 有species labels代替gene label 的时候。
memory
大数据集(>500taxa)增加memory available to java。
run
java -Xmx3000M -jar astral.5.6.3.jar -i in.tree
其他参数
-m: 移除含有少于指定叶子数量的gene。对于需要一定分类级别的taxon occupancy 是有用的。后面设置数量。
-k completed : To build the set X (and not to score the species tree), ASTRAL internally completes the gene trees. To see these completed gene trees, run this option. This option is usable only when you also have -o(不懂)
-k bootstrapped 和-k bootstraps_norun:these options output the bootstrap replicate inputs to ASTRAL. These are useful if you want to run ASTRAL separately on each bootstrap replicate on a cluster.
-k searchspace_norun:输出search space然后退出。
----polylimit:
--samplingrounds:For multi-individual datasets, this option controls how many rounds of individual sampling is used in building the constraint set. Adjust to reduce/increase the search space for multi-individual datasets
文章参考:[https://github.com/smirarab/ASTRAL/blob/master/astral-tutorial.md#running-on-a-multi-individual-datasets]
最后编辑于 :2019.06.18 14:59:50©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者人面猴序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...沈念sama阅读 145,261评论 1赞 308死咒序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...沈念sama阅读 62,177评论 1赞 259救了他两次的神仙让他今天三更去死文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...开封第一讲书人阅读 96,329评论 0赞 214道士缉凶录:失踪的卖姜人 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...开封第一讲书人阅读 41,490评论 0赞 184港岛之恋(遗憾婚礼)正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...茶点故事阅读 49,353评论 1赞 262恶毒庶女顶嫁案:这布局不是一般人想出来的文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...开封第一讲书人阅读 39,028评论 1赞 179城市分裂传说那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...沈念sama阅读 30,611评论 2赞 276双鸳鸯连环套:你想象不到人心有多黑文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...开封第一讲书人阅读 29,383评论 0赞 171万荣杀人案实录序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...沈念sama阅读 32,749评论 0赞 215护林员之死正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...茶点故事阅读 29,460评论 2赞 219白月光启示录正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...茶点故事阅读 30,814评论 1赞 232活死人序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...沈念sama阅读 27,255评论 2赞 215日本核电站爆炸内幕正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...茶点故事阅读 31,752评论 3赞 214男人毒药:我在死后第九天来索命文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...开封第一讲书人阅读 25,685评论 0赞 9一桩弑父案,背后竟有这般阴谋文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...开封第一讲书人阅读 26,114评论 0赞 170情欲美人皮我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...沈念sama阅读 33,747评论 2赞 234代替公主和亲正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...茶点故事阅读 33,901评论 2赞 238推荐阅读更多精彩内容rljsrljs by sennchi Timeline of History Part One The Cognitiv...sennchi阅读 7,040评论 0赞 10《達爾文所未知的》解說詞《達爾文所未知的》解說詞 撰寫(Written):阿爾芒·馬裏耶(The Animal Mother) 翻譯(Tr...JENTSON阅读 1,111评论 0赞 12003-2014考研真题**2014真题Directions:Read the following text. Choose the be...又是夜半惊坐起阅读 8,346评论 0赞 23writing science笔记推荐给各位科研工作者一本好书:writing science。这本书不同于其他教写作的书,不是从写作的角度教你具体...石博士阅读 5,120评论 1赞 17作品试着从基本功开始,把基本打好小茆屋阅读 705评论 3赞 50评论5赞1818赞19赞赞赏更
astral - 搜索 词典
al - 搜索 词典 Rewards网页图片视频学术词典地图更多航班我的必应笔记本astral美 [ˈæstrəl] 英 ['æstrəl] adj.星的;精神世界的网络星光;星界;星形的同义词反义词adj.materialadj.stellar,sidereal,astronomical,astrophysical,cosmological权威英汉双解英汉英英网络释义astral显示所有例句adj.1.星的connected with the starsastral navigation星际航行2.精神世界的connected with the spiritual rather than the physical world of existencethe astral plane精神世界层面adj.1.星的;星状的;【生】星状体的2.星界的,星际的adj.1.relating to or using the stars2.relating to a world of spiritual, not physical, ideas and experiences1.星的英语词根词缀记忆大全 ... astrophysics 天体物理学 astral 星的,星状的 disaster 灾难,灾祸 ... www.douban.com|基于244个网页2.星光在跟星光(Astral)的决斗中,“No.96”使用「升阶魔法-异晶人的魔力」使得「No.65」进化成「CNo.65」;之后再次使用「升阶魔 …baike.baidu.com|基于179个网页3.星界森地客 ... Light speed 光速 Astral 星界 Common 平凡 ... www.santic.cn|基于144个网页4.星形的英语新词汇与常用词汇的翻译(A) ... astrakhan 俄国羔皮 astral 星形的 astrand 搁浅地 ... www.zftrans.com|基于58个网页5.星状的英语词根词缀记忆大全 ... astrophysics 天体物理学 astral 星的,星状的 disaster 灾难,灾祸 ... www.douban.com|基于55个网页6.星型...(The Further)。拍摄过程中,又改名为《星型》(Astral),直到影片于2010年前往多伦多电影节亮相时,才正式有了今天的《潜伏》 …www.wzlu.com|基于55个网页7.星体的...al),精神心理的(psychotypical)和星体的(astral)身体等等。在我的心灵感应下,你的灵体就与你的其它重身体分离了。 …www.360doc.com|基于35个网页更多释义收起释义例句释义:全部全部,星的星的,精神世界的精神世界的,星光星光,星界星界,星形的星形的类别:全部全部,口语口语,书面语书面语,标题标题,技术技术来源:全部全部,字典字典,网络网络难度:全部全部,简单简单,中等中等,难难更多例句筛选收起例句筛选1.The office or your place of work could be where passion strikes you to the core of your being, given the current astral configuration.办公室或者你工作的地方可能被目前行星的布局影响,成为激情触及你存在的核心的所在。www.douban.com2.Change and transformation seems to be the order of the day, with the present astral configuration.星相显示,变化和转变是今天的主旋律。www.douban.com3.Each of the Chakras is associated with an Energy Center in the body and a Plane of Consciousness in the Astral Realm.每一个脉轮的能量中心相关,在身体和意识的飞机在星体层的境界。blog.sina.com.cn4.Perhaps the fish signstands for an astral word - a bit like using a pictogram of the sun ina puzzle to mean "son" .那么,鱼形字符就有可能表示天体——这有点像在字谜中用“sun(太阳)”的象形文字表示单词“son(儿子)”。www.bing.com5.as the astral dimension is the natural domain of the astral body , it will not fade out of it due to a lack of energy.由于星体层是星体躯体的自然领域,它不会由于能量缺乏而在其中消失。ichacha.net6.And, of course, you are bound to bump into some astral entities or a black hole. You could get lost forever, and that would be terrible!当然一定会卡在阿修罗境界或是陷入黑洞中,也许会永远迷失在那里,那实在太可怕了!sm2000.org7.As you approach it in this way, your subconscious mind will be tricked into creating an astral realm exactly like the poster.当你这样向它靠近时,这会诱使你的潜意识创造一个与招贴画完全一样的星体王国。www.2012nian.org8.There is no set agenda for how often you practice astral projection or any other out-of-body technique.没有固定的日程来实践出体或任何其他外体技术,随时都可以。tieba.baidu.com9.i could feel myself in the chair , trying to follow my astral body around the room.我能感到我自己坐在椅子中,试图跟随在房间中移动的我的星体躯体。ichacha.net10.Eat as much raw fruits and raw vegetables as you can to replenish your astral bodies, as those carry the most lively Chi.尽能够吃新颖水果与蔬菜,这样你会补充你的星光体,由于那些携带了少量的气。www.yp51888.com12345© 2024 Microsoft隐私声明和 Cookie法律声明广告帮GitHub - smirarab/ASTRAL: Accurate Species TRee ALgorithm
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smirarab/ASTRAL
This commit does not belong to any branch on this repository, and may belong to a fork outside of the repository.
masterBranchesTagsGo to fileCodeFolders and filesNameNameLast commit messageLast commit dateLatest commit History815 Commits.github/ISSUE_TEMPLATE.github/ISSUE_TEMPLATE .settings.settings liblib mainmain .classpath.classpath .gitignore.gitignore .project.project Astral.5.7.8.zipAstral.5.7.8.zip CHANGELOG.mdCHANGELOG.md CONTRIBUTING.mdCONTRIBUTING.md LICENSELICENSE README.mdREADME.md README.template.mdREADME.template.md astral-tutorial-template.mdastral-tutorial-template.md astral-tutorial.mdastral-tutorial.md developer-guide.mddeveloper-guide.md in-action.mdin-action.md make.shmake.sh manifest.textmanifest.text runningtime.pngrunningtime.png thesis-astral.pdfthesis-astral.pdf View all filesRepository files navigationREADMEApache-2.0 licenseNew Version:
Note: A new version of this software, implemented in C and with a different algorithm is now available at https://github.com/chaoszhang/ASTER. This updated version has:
weightedASTRAL (wASTRAL) which is more accurate than ASTRAL in our tests
ASTRAL-Pro2 which can handle duplication and loss and is more scalable than ASTRAL-Pro
A new implementation of the unweighted ASTRAL algorithm, without weighting, which may be more robust to missing data (but otherwise quite similar to this implementation)
We encourage using the new code.
The main features of the Java version (this repository) are available in the C code linked above. Some of the less commonly used features may not be available. Please feel free to submit requests for new features on the other Github as issues.
DESCRIPTION:
ASTRAL is a tool for estimating an unrooted species tree given a set of unrooted gene trees.
ASTRAL is statistically consistent under the multi-species coalescent model (and thus is useful for handling incomplete lineage sorting, i.e., ILS).
ASTRAL finds the species tree that has the maximum number of shared induced quartet trees with the set of gene trees, subject to the constraint that the set of bipartitions in the species tree comes from a predefined set of bipartitions. This predefined set is empirically decided by ASTRAL (but see tutorial on how to expand it). The current code corresponds to ASTRAL-III (see below for the publication).
The algorithm was designed by Tandy Warnow and Siavash Mirarab originally. ASTRAL-III incorporates many ideas by Chao Zhang and Maryam Rabiee.
Code developers are mainly Siavash Mirarab, Chao Zhang, Maryam Rabiee, and Erfan Sayyari.
Bug Reports:
Contact astral-users@googlegroups.com or post on ASTRAL issues page.
Other branches
NOTE:
Several new features of ASTRAL are not merged in this branch and are available in other branches or git pages.
Please use those branches if you find these features useful.
ASTRAL-Pro (Astral for paralogs): This new tool, which builds on ASTRAL, can handle multiple copy genes. You can find it here: https://github.com/chaoszhang/A-pro
ASTRAL-MP (Multi-threaded ASTRAL): A multi-threaded version of ASTRAL is available on this branch
Note: the link https://github.com/smirarab/ASTRAL/tree/MP-similarity should be replaced with https://github.com/smirarab/ASTRAL/tree/M.
Astral with user constraints: A version of ASTRAL that can satisfy user constraints is available here
Tree updates: An ASTRAL-based algorithm called INSTRAL enables inserting new species onto and existing ASTRAL tree is available here
Publications
Papers on the current version:
Since version 5.1.1, the code corresponds to ASTRAL-III, described in:
Zhang, Chao, Maryam Rabiee, Erfan Sayyari, and Siavash Mirarab. 2018. “ASTRAL-III: Polynomial Time Species Tree Reconstruction from Partially Resolved Gene Trees.” BMC Bioinformatics 19 (S6): 153. doi:10.1186/s12859-018-2129-y.
For multi-individual datasets, the relevant paper to cite is:
Rabiee, Maryam, Erfan Sayyari, and Siavash Mirarab. 2019. “Multi-Allele Species Reconstruction Using ASTRAL.” Molecular Phylogenetics and Evolution 130 (January). 286–96. doi:10.1016/j.ympev.2018.10.033.
Since version 4.10.0, ASTRAL can also compute branch length (in coalescent units) and a measure of support called local posterior probability, described here:
Sayyari, Erfan, and Siavash Mirarab. 2016. “Fast Coalescent-Based Computation of Local Branch Support from Quartet Frequencies.” Molecular Biology and Evolution 33 (7): 1654–68. doi:10.1093/molbev/msw079
ASTRAL can also perform a polytomy test (-t 10 option):
Sayyari, Erfan, and Siavash Mirarab. 2018. “Testing for Polytomies in Phylogenetic Species Trees Using Quartet Frequencies.” Genes 9 (3): 132. doi:10.3390/genes9030132.
For practical tips on using ASTRAL see this preprint book chapter.
Papers on older versions:
The original algorithm (ASTRAL-I) is described in:
Mirarab, Siavash, Rezwana Reaz, Md. Shamsuzzoha Bayzid, Théo Zimmermann, M. S. Swenson, and Tandy Warnow. 2014. “ASTRAL: Genome-Scale Coalescent-Based Species Tree Estimation.” Bioinformatics 30 (17): i541–48. doi:10.1093/bioinformatics/btu462.
All the versions between 4.7.4 and 5.1.0 correspond to ASTRAL-II, described in:
Mirarab, Siavash, and Tandy Warnow. 2015. “ASTRAL-II: Coalescent-Based Species Tree Estimation with Many Hundreds of Taxa and Thousands of Genes.” Bioinformatics 31 (12): i44–52. doi:10.1093/bioinformatics/btv234
Papers with relevance to ASTRAL:
These papers do not describe features in ASTRAL, but are also relveant and we encourage you to read them:
ASTRAL-Pro: This paper extends the ASTRAL methodology to multiple copy genes.
Zhang, Chao, Celine Scornavacca, Erin K Molloy, and Siavash Mirarab. “ASTRAL-Pro: Quartet-Based Species-Tree Inference despite Paralogy.” Edited by Jeffrey Thorne. Molecular Biology and Evolution, September 4, 2020, msaa139. https://doi.org/10.1093/molbev/msaa139.
ASTRAL-constrained: This paper shows how to impose user-defined constraints on ASTRAL
Rabiee, Maryam, and Siavash Mirarab. “Forcing External Constraints on Tree Inference Using ASTRAL.” BMC Genomics 21, no. S2 (April 16, 2020): 218. https://doi.org/10.1186/s12864-020-6607-z.
DiscoVista: This paper shows how quartet scores (more broadly, genome discordance) can be visualized in interpretable ways. The visualization of quartet scores, in particular, is closely tied to the ASTRAL method.
Sayyari, Erfan, J.B. James B. Whitfield, and Siavash Mirarab. 2018. “DiscoVista: Interpretable Visualizations of Gene Tree Discordance.” Molecular Phylogenetics and Evolution 122 (May): 110–15. doi:10.1016/j.ympev.2018.01.019.
Fragmentary data: The following paper made the case that before inferring gene trees, removing fragmentary data (e.g., those that have uncharacteristically large numbers of gaps) should be removed. It also showed RAxML gene trees are preferable to FastTree trees.
Sayyari, Erfan, James B Whitfield, and Siavash Mirarab. 2017. “Fragmentary Gene Sequences Negatively Impact Gene Tree and Species Tree Reconstruction.” Molecular Biology and Evolution 34 (12): 3279–91. doi:10.1093/molbev/msx261.
Missing data: The following paper showed that excluding genes because they have missing data is often detrimental to accuracy.
Molloy, Erin K., and Tandy Warnow. 2018. “To Include or Not to Include: The Impact of Gene Filtering on Species Tree Estimation Methods.” Systematic Biology 67 (2): 285–303. doi:10.1093/sysbio/syx077.
TreeShrink: This paper introduced a method for removing very long branches from gene trees in a statistically motivated way. These branches make gene trees less accurate.
Mai, Uyen, and Siavash Mirarab. 2018. “TreeShrink: Fast and Accurate Detection of Outlier Long Branches in Collections of Phylogenetic Trees.” BMC Genomics 19 (S5): 272. doi:10.1186/s12864-018-4620-2.
Sample Complexity: This paper established the theoretical sample complexity (i.e., number of required genes) for ASTRAL.
Shekhar, Shubhanshu, Sebastien Roch, and Siavash Mirarab. 2018. “Species Tree Estimation Using ASTRAL: How Many Genes Are Enough?” IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 15 (5): 1738–47. doi:10.1109/TCBB.2017.2757930.
INSTRAL: introduces an ASTRAL-based algorithm for adding new species unto an existing species tree; so, the phylogenetic placement problem but for species trees.
Rabiee, Maryam, and Siavash Mirarab. 2018. “INSTRAL: Discordance-Aware Phylogenetic Placement Using Quartet Scores.” BioRxiv 432906. doi:10.1101/432906.
BestML: This paper was published before ASTRAL but showed that using best ML gene trees is often preferable to using the consensus of running summary methods on bootstrapped gene trees.
Mirarab, Siavash, Md Shamsuzzoha Bayzid, and Tandy Warnow. 2016. “Evaluating Summary Methods for Multilocus Species Tree Estimation in the Presence of Incomplete Lineage Sorting.” Systematic Biology 65 (3). Oxford University Press: 366–80. doi:10.1093/sysbio/syu063.
Documentations
The rest of this README file
Our tutorial.
For practical tips on using ASTRAL, including on how to prepare input and interpret output, see this paper.
Forums:
User group discussions
ASTRAL issues page
Publications shown above have scientific details. The chapter of Siavash Mirarab's dissertation that describes ASTRAL in detail is provided here.
A developer guide.
INSTALLATION:
There is no installation required to run ASTRAL.
Download using one of two approaches:
You simply need to download the zip file and extract the contents to a folder of your choice.
Alternatively, you can clone the github repository. Then, either:
simply uncompress the zip file that is included with the repository, or
run make.sh to build the project.
ASTRAL is a java-based application, and should run in any environment (Windows, Linux, Mac, etc.) as long as java is installed.
Java 1.6 or later is required. We have tested ASTRAL only on Linux and MAC but others have used it on Windows with no reported issues.
To test your installation, go to the place where you put the uncompressed ASTRAL, and run:
java -jar astral.5.7.8.jar -i test_data/song_primates.424.gene.tre
This should quickly finish. There are also other sample input files under test_data/ that can be used.
ASTRAL can be run from any directory (e.g., /path/to/astral/). Then, you just need to run:
java -jar /path/to/astral/astral.5.7.8.jar
Also, you can move astral.5.7.8.jar to any location you like and run it from there, but note that you need to move the lib directory with it as well.
EXECUTION:
ASTRAL currently has no GUI. You need to run it through the command-line. In a terminal, go the location where you have downloaded the software, and issue the following command:
java -jar astral.5.7.8.jar
This will give you a list of options available in ASTRAL.
To find the species tree given a set of gene trees in a file called in.tree, use:
java -jar astral.5.7.8.jar -i in.tree
The results will be outputted to the standard output. To save the results in a file use the -o option (Strongly recommended):
java -jar astral.5.7.8.jar -i in.tree -o out.tre
To save the logs (also recommended), run:
java -jar astral.5.7.8.jar -i in.tree -o out.tre 2>out.log
Input:
The input gene trees are in the Newick format
The input trees can have missing taxa, polytomies (unresolved branches), and multiple individuals per species.
Taxon names cannot have quotation marks in their names (sorry!). This means you also cannot have weird characters like ? in the name (underscore is fine).
When multiple individuals from the same species are available, you can ask ASTRAL to force them to be together in the species tree. To do this, a mapping file needs to be provided using the -a option. This mapping file should have one line per species, and each line needs to be in one of two formats:
species_name [number of individuals] individual_1 individual_2 ...
species_name:individual_1,individual_2,...
Note that when multiple individuals exist for the same species, your species name should be different from the individual names.
Output:
The output in is Newick format and gives:
the species tree topology,
branch lengths in coalescent units (only for internal branches or for terminal branches if that species has multiple individuals),
branch supports measured as local posterior probabilities.
It can also annotate branches with other quantities, such as quartet support, as described in the tutorial.
The ASTRAL tree leaves the branch length of terminal branches empty. Some tools for visualization and tree editing do not like this (e.g., ape). In FigTree, if you open the tree several times, it eventually opens up (at least on our machines). In ape, if you ask it to ignore branch lengths all together, it works. In general, if your tool does not like the lack of terminal branches, you can add a dummy branch length, as in this script.
Other features (local posterior, bootstrapping):
Please refer to the tutorial for all other features, including bootstrapping, branch annotation, and local posterior probability.
Memory:
For big datasets (say more than 1000 taxa), increasing the memory available to Java can result in speedups. Note that you should give Java only as much free memory as you have available on your machine. So, for example, if you have 8GB of free memory, you can invoke ASTRAL using the following command to make all the 8GB available to Java:
java -Xmx8000M -jar astral.5.7.8.jar -i in.tree
Acknowledgment
ASTRAL code uses bytecode and some reverse engineered code from PhyloNet package (with permission from the authors). Code is contributed by Siavash Mirarab, Maryam Rabiee, Chao Zhange, Erfan Sayyari, and John Yin.
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astral 在英語-中文(繁體)詞典中的翻譯
astraladjective uk
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/ˈæs.trəl/ us
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/ˈæs.trəl/
astral adjective
(STARS)
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relating to the stars or outer space
星的;星際的;太空的
astral adjective
(FORCES)
[ before noun ] relating to forces that are not known or understood
超自然的
(astral在劍橋英語-中文(繁體)詞典的翻譯 © Cambridge University Press)
astral的例句
astral
Along with the main schools of magic, astral and shadow magics have their own effects.
來自 Wikipedia
該例句來自維基百科,在CC BY-SA許可下可重複使用。
Her nature is also destructive to psionic and astral projections rendering her resistant to telepathic intrusion.
來自 Wikipedia
該例句來自維基百科,在CC BY-SA許可下可重複使用。
He states that while interesting phenomena such as astral lights, moments of peace and revelation, come, it does not indicate spiritual advancement.
來自 Wikipedia
該例句來自維基百科,在CC BY-SA許可下可重複使用。
Astrology is an ancient practice and pre-dates many scientific methods of astral observation.
來自 Wikipedia
該例句來自維基百科,在CC BY-SA許可下可重複使用。
She saves herself by transforming her astral into wings.
來自 Wikipedia
該例句來自維基百科,在CC BY-SA許可下可重複使用。
Even though he controls every particle in his body, his mind exists in the astral plane.
來自 Wikipedia
該例句來自維基百科,在CC BY-SA許可下可重複使用。
After a certain time, the astral body disintegrates, and the person then becomes conscious on the mental plane.
來自 Wikipedia
該例句來自維基百科,在CC BY-SA許可下可重複使用。
Most of the astral arrays run along the pronuclear surface reaching the egg cortex.
來自 Cambridge English Corpus
示例中的觀點不代表劍橋詞典編輯、劍橋大學出版社和其許可證頒發者的觀點。
C1
astral的翻譯
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veggie burger
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/ˈvedʒ.i ˌbɜː.ɡər/
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/ˈvedʒ.i ˌbɝː.ɡɚ/
a type of food similar to a hamburger but made without meat, by pressing together small pieces of vegetables, seeds, etc. into a flat, round shape
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Forget doing it or forget to do it? Avoiding common mistakes with verb patterns (2)
March 06, 2024
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stochastic parrot
March 04, 2024
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al是什么意思_astral的翻译_音标_读音_用法_例句_爱词霸在线词典首页翻译背单词写作校对词霸下载用户反馈专栏平台登录astral是什么意思_astral用英语怎么说_astral的翻译_astral翻译成_astral的中文意思_astral怎么读,astral的读音,astral的用法,astral的例句翻译人工翻译试试人工翻译翻译全文简明柯林斯牛津astral英 [ˈæstrəl]美 [ˈæstrəl]释义adj.星形的; 星际的点击 人工翻译,了解更多 人工释义实用场景例句全部This latter geometry he called astral geometry.这后一种几何他称为星空几何.辞典例句She was amazed at the number of astral bodies the new telescope revealed.从这台新的望远镜里竟能看到那么多的星体,这把她惊呆了.辞典例句Astral Projection. Projects you and friends into Astral Plane.星界投射: 将自己及伙伴投射到星界.互联网He covers everything under the sun from personal development to astral projection.他涵盖一切在阳光下,从个人发展到星光投影.互联网Also see: Astral Realms & Kingdoms , Astral Sub - Planes, Astral Entrance Structure.参见: 星体领域 和 国度 、 星体亚层 、 星体入口的结构.互联网This is similar to what happens after a low powered astral journey.低能量的星体旅行之后发生的情形与此相似.互联网A projection of the mind -- a form of astral projection?这是不是一种意念的投射--一种存在于有形世界之上的超感觉的投射方式 呢 ?互联网Probability Travel. You and friends physically enter Astral Plane.星界旅行: 你与伙伴以真身进入星界.互联网Most of the manipulations occur instead in the etheric or astral planes.大部分操控反之发生在以太或星光层.互联网These are the astral, mental and buddhist fields of energy.它们是星体 、 精神和布迪克能量场.互联网Once the astral body has separated, it is free to create dreams.一旦星体躯体脱体, 它就具有创造梦境的自由.互联网It can also attract the unwanted attention of undesirable astral entities.这也会吸引你不需要的星体实体的不必要的注意.互联网The astral configuration today encourages you to go to extremes.今天的星体结构会鼓励走极端.互联网Astral reading in the 55 districts is at abnormal level. Investigate.55地区有异常反应, 立刻去调查.互联网Note: Blind people are not blind in astral form.注意: 盲人处于星体躯体中时能够看见.互联网收起实用场景例句英英释义Adjective1. being or relating to or resembling or emanating from stars;"an astral body""stellar light"收起英英释义词根词缀词根: aster=star,表示"星星"adj.asteroid 星状的 aster星星+oid像……的→像星星的astral 星的,星状的astr=aster星星+al……的→adj.星的,星状的disastrous 灾难的disaster[n.灾难,灾祸]+ous……的→disastrous灾难的n.asterisk 星号,星标aster星星+isk小东西→小星星asterism 星群, 三星符号aster星星+ism现象→一群星→星群asteroid 小行星aster星星+oid像……的→像星星的disaster 灾难,灾祸dis不,坏+aster星→星位不正,表示有灾难v.asterisk 给……注上星号aster星星+isk小东西→小星星行业词典医学星体的 释义实用场景例句英英释义词根词缀行基于Astral利用单拷贝同源基因构建物种树_单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间-CSDN博客
>基于Astral利用单拷贝同源基因构建物种树_单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间-CSDN博客
基于Astral利用单拷贝同源基因构建物种树
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想介绍的都在之前的文章里了构建单拷贝同源蛋白系统发育树,一条命令提序列! 不同的是,之前是将得到的单拷贝同源基因比对后进行了串联,每个物种都得到一个很大的序列,然后进行建树;现在是使用并联的方法,是将每个单拷贝同源基因集比对后建树,然后再利用Astral构建了物种树,在之前的脚本上进行了功能扩充,输入的命令不变,只是最后直接多了一个*.gene.species.tree的树文件,树都建好了。
##构建单拷贝同源蛋白, python3
##在linux下运行,需要安装proteinortho与muscle,proteinortho安装地址:http://www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/proteinortho/,muscle地址:http://www.drive5.com/muscle/。
##需要安装Astral,地址:https://github.com/smirarab/ASTRAL
##作者:刘宁华 山东大学青岛校区 1039438318@qq.com
#1. 处理序列文本
def chuli_seq(in_file_0):
import os
path = os.getcwd()
path = path + "/" + in_file_0 + "/"
files = os.listdir(path)
file_path = []
for file in files:
file_path_1 = path + file
file_path.append(file_path_1)
for file in file_path:
cmd = "sed -i 's/ /_/g' " + file
os.system(cmd)
return print("1. 序列预处理")
#2. 运行同源比对命令
def protein_ortho(file):
import os
cmd = "proteinortho6.pl -project=" + file + "_work -e=1e-5 -cov=50 -identity=50 -clean " + file + "/*.faa"
os.system(cmd)
return print("2. 完成同源比对")
#3. 比对结果处理,提取单拷贝蛋白结果
def guoLv_result(in_file_1, num):
in_file_1 = open(in_file_1, 'r')
out_file_1 = open("work_ortho", 'w')
for line in in_file_1:
if line.split('\t')[0] == line.split('\t')[1] == num:
out_file_1.write(line)
out_file_1.close()
return print("3. 完成文件过滤")
#4. 整合全基因组蛋白序列为一个文件whole_protein
def get_whole_protein(file_name):
import os
cmd = "cd " + file_name +" ; cat ./*.faa >> whole_protein ; mv whole_protein .. ; cd .."
os.system(cmd)
return print("4. 全基因组整合完成")
#5. fasta序列存为字典
def read_to_dict(in_file_2):
seq_dict = {}
ac = ''
seq = ''
for line in open(in_file_2):
if line.startswith('>') and seq != '':
seq_dict[ac] = seq
seq = ''
if line.startswith('>'):
ac = line.strip()[1:]
else:
seq = seq + line.strip()
seq_dict[ac] = seq
return seq_dict
#6. 获取名称列表
def get_bacteria_name(in_file3):
file = open(in_file3)
line = file.readline()
names = line.replace('.faa', '').split()[4:]
return names
#7. 逐行读取记录,并将符合的序列写入新文件中
def get_single_seq(seq_dict):
i = 1
for line in open("work_ortho", 'r'):
lines = line.strip().split('\t')[3:]
out_file = open('%s.faa' % (i), 'w')
for key in seq_dict:
if key in lines:
out_file.write('>' + key + '\n' + seq_dict[key] + '\n')
out_file.close()
i = i + 1
return print("5. 完成蛋白序列提取")
#8. 获取单拷贝蛋白数量
def get_protein_num():
import glob
path_file = glob.glob(r'*.faa')
protein_num = len(path_file)
return protein_num
#9. muscle比对,并整合为一个文件 protein_align.fas
def get_muscle():
import os
cmd1 = "for file in ./*.faa; do muscle -in $file -out $file.fas1; done"
cmd2 = "cat ./*.fas1 >> protein_align.fas"
os.system(cmd1)
os.system(cmd2)
return print("6. 完成序列比对")
#10. 提取同源蛋白序列
def get_result(names, seq_dict, protein_num):
out_file_name = str(protein_num) + ".result.fasta"
out_file = open(out_file_name, 'w')
i = 3
for name in names:
seq_list = []
seq_align = ''
# 将蛋白序列读取为列表
for lines in open("work_ortho", 'r'):
lines = lines.strip().split('\t')[i] # 索引第几列就是哪个蛋白序列
seq_list.append(lines)
for key in seq_dict:
if key in seq_list:
seq_align = seq_align + seq_dict[key]
out_file.write('>' + name + '\n' + seq_align + '\n')
i = i + 1
out_file.close()
return print("7. 生成目标文件 --> *.result.fasta")
#11,对比对好的单个单拷贝基因序列进行改名处理,先移入single_a_gene
def get_tree(in_file1, num2):
import os
cmd1 = "mkdir single_a_gene"
cmd2 = "mv *.fas1 single_a_gene/"
cmd3 = "mkdir changed_ID"
os.system(cmd1)
os.system(cmd2)
os.system(cmd3)
path = os.getcwd()
#获取物种名与RASTid的对应
path1 = path + "/" + in_file1
name_id_dit = {}
files1 = os.listdir(path1)
for file1 in files1:
path11 = path1 + "/" + file1
file2 = file1.split(".")[0]
with open(path11, "r") as infile:
for line in infile:
line1 = line.strip().split(".")[0:2]
line2 = '.'.join(line1)
name_id_dit[line2] = file2
break
#将比对好的单拷贝序列改名为物种名
path2 = path + "/single_a_gene"
files2 = os.listdir(path2)
path3 = path + "/changed_ID"
for file2 in files2:
path22 = path2 + "/" + file2
outfile = path3 + "/" + file2 + ".fasta"
with open(outfile, "a") as outfile2:
with open(path22, "r") as infile2:
for line in infile2:
if line.startswith(">"):
line1 = line.strip().split(".")[0:2]
line2 = '.'.join(line1)
outfile2.write(">" + name_id_dit[line2] + "\n")
else:
outfile2.write(line)
#fasttree建树
cmd4 = "for file in changed_ID/*.fasta; do fasttree -boot 1000 $file > $file.tree; done"
os.system(cmd4)
cmd5 = "cat changed_ID/*.tree >> ./single_gene.tree"
os.system(cmd5)
cmd6 = "java -jar /home/LiuNingHua/lnh-software/Astral/astral.5.7.5.jar -i single_gene.tree -o " + str(num2) + ".gene.species.tree"
os.system(cmd6)
return print("**. 生成物种树 --> *.gene.species.tree")
#12. 删除无用文件
def del_file():
import os
cmd1 = "rm -rf *.faa *.fas1 *.fas work_ortho whole_protein single_a_gene changed_ID"
os.system(cmd1)
return print("8. 文件清理,结束!")
###########################################################
if __name__=='__main__':
import sys
import os
import time
try:
file_name = sys.argv[1]
num = sys.argv[2]
test = int(sys.argv[2]) #确保输入顺序正确
except:
print("请输入正确参数顺序!")
print("usage: python3 protein_ortho.py
else:
chuli_seq(file_name) #处理序列名中的空格
in_file = file_name + "_work.proteinortho.tsv"
protein_ortho(file_name) #同源比对
while True:
if os.path.isfile(in_file):
time.sleep(20) #确保文件.proteinortho.tsv已完成写入
guoLv_result(in_file, num) # 获得work_ortho
get_whole_protein(file_name) # 集合全基因组,生成whole_protein
whole_protein_dict = read_to_dict(in_file_2='whole_protein') # 全基因组存入字典
get_single_seq(whole_protein_dict) # 提取出单蛋白序列
protein_num = get_protein_num() #获取单拷贝蛋白的数量
get_muscle() # 完成比对
align_protein_dict = read_to_dict(in_file_2="protein_align.fas") #提取后的蛋白序列存入字典
bac_names = get_bacteria_name(in_file) # 菌株名称
get_result(bac_names, align_protein_dict, protein_num) #完成序列提取
get_tree(file_name, protein_num) #Astral建树
del_file() # 删除中间文件
break
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基于Astral利用单拷贝同源基因构建物种树
全网最简单:基于基因组构建物种树,一条命令,两种结果都有了!
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linux统计单拷贝基因家族,利用orthofinder寻找单拷贝基因构建系统发育树
weixin_36129381的博客
05-13
2269
1.orthofinder介绍OrthoFinder是一种快速、准确和全面的比较基因组学分析工具。它可以找到直系和正群,为所有的正群推断基因树,并为所分析的物种推断一个有根的物种树。OrthoFinder还为比较基因组分析提供全面的统计数据。OrthoFinder使用简单,只需运行一组FASTA格式的蛋白质序列文件(每个物种一个)。2.基础知识介绍Orthologue(直系同源基因)指的是来自两个...
物种树(Species Tree)和基因树(Gene Tree)
weixin_30764883的博客
07-01
2997
认为来自不同物种的一组基因的进化关系(基因树,gene tree)与这些物种本身的进化关系(物种树,species tree)
一定相同,似乎是合理的,因为这些基因存在于这些物种的基因组中。但情况并非如此。基因树不一定与物种树相同。
基因树可以和物种树不同,一种情况如下图所示。祖先种群最先固定了A1等位基因(顶部),但随后发生了A2突变,
使该群体变成多态性...
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Astral-Lust-Documentation:星体欲望文件
04-03
星际欲望文件
星体欲望文件
链接到文档: :
Astral Projection-开源
04-24
Astral Projection是使用CoreLocation框架的iOS应用程序的测试工具。 AP允许使用可配置的位置数据源(例如GPX文件或远程代理)在设备和模拟器上测试位置感知的应用程序。
orthofinder直系同源蛋白分析及结果处理
Neptuneyut的博客
06-22
3039
文章目录安装使用简介摘要背景介绍
安装
(gtdbtk) [yutao@myosin Genome_integration]$ mamba create -n orthofinder -c bioconda orthofinder
使用
简介
OrthoFinder: phylogenetic orthology inference for comparative genomics
Genome Biology, 2019
摘要
在此,我们提出了OrthoFinder方法的一个重大进展。它扩展了O
genome comparison commend 1
weixin_58269397的博客
04-22
292
仅本人练习使用!!后续会逐渐修改!!
OrthoFinder 2.0 原理及所涉及的相关概念
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浓香鸭腿面的博客
01-11
1万+
文章内容主要参考:
https://github.com/davidemms/OrthoFinder
https://davidemms.github.io/
OrthoFinder 功能
查找直系同源组和直系同源物
推断所有直系同源组的有根基因树
识别基因树中的所有基因重复事件
推断有根物种树,并将基因复制事件从基因树映射到物种树上
为不同物种基因组间的比较分析提供全面的统计信息
OrthoFinder 功能及优势
使用 DIAMOND 软件进行 blast,大幅提高 blast 速度。
使
利用单拷贝直系同源基因进行构树
hgz2020的博客
06-24
672
系统发育树构建
python 进化树_物种进化树构建
weixin_39655377的博客
12-10
1550
使用单拷贝基因画物种进化树所需软件:# OrthoFinder寻找同源基因conda install orthofinder#EasySpeciesTreegit clone https://github.com/Davey1220/EasySpeciesTree.git该脚本依赖Mafft, TrimAI, RAxML和ASTRAL四个软件,需要自己提前安装好修改脚本中相应依赖程序的绝对路径:...
2020-11-21 根据orthofinder的结果利用单拷贝直系基因建树
Hakuna_mata_ta_的博客
11-21
1822
单拷贝直系同源基因多序列比对
在orthofinder运行后的结果Single_Copy_Orthologue_Sequences文件夹中有所需要的直系同源基因的序列
for i in *.fa; do linsi $i > $i.1; done
提取保守序列
conda install Gblocks
for i in *.1; do Gblocks $i -t=p -e=.2; done
序列合并
for i in *.2; do seqkit sort $i > $i.3;.
junit-jupiter-5.6.2.jar
01-10
junit-jupiter-5.6.2.jar
astral
03-28
astral
Astral
03-16
星体一种用于从星形胶质细胞和其他细胞类型的微观延时图像中检测和分析信号事件的应用程序。与西里西亚工业大学和埃森NeuroScienceLab合作
astral_project
05-14
该项目是通过引导的。 您将在下面找到一些有关如何执行常见任务的信息。 您可以在找到本指南的最新版本。 目录 自动格式化代码 更改页面
Jam-Astral
03-26
Jam-Astral
astral:Python计算太阳和月亮的位置
05-03
星体 这是“ astral” Python模块,该模块计算 太阳各个位置的时间:黎明,日出,太阳正午,日落,黄昏,太阳高度,太阳方位角和rahukaalam。 月相。 有关文档,请参见
蓝桥杯练习系统-基础题全解C++
最新发布
03-06
蓝桥杯练习系统-基础题全解C++
springboot145基于SpringBoot基于java的在线问卷调查系统的设计-毕业源码案例设计
03-06
如今社会上各行各业,都在用属于自己专用的软件来进行工作,互联网发展到这个时候,人们已经发现离不开了互联网。互联网的发展,离不开一些新的技术,而新技术的产生往往是为了解决现有问题而产生的。针对于问卷调查信息管理方面的不规范,容错率低,管理人员处理数据费工费时,采用新开发的在线问卷调查系统可以从根源上规范整个数据处理流程的正规性和合法性。
在线问卷调查系统能够实现问卷管理,用户管理,题目管理,问卷调查管理,新闻资讯管理等功能。该系统采用了Mysql数据库,Java语言,Spring Boot框架等技术进行编程实现。
在线问卷调查系统可以提高问卷调查信息管理问题的解决效率,优化问卷调查信息处理流程,并且能够保证存储数据的安全,它是一个非常可靠,非常安全的应用程序。
关键词:在线问卷调查系统;Mysql数据库;Java语言
Java毕设-基于springboot+vue的智慧图书管理系统设计与实现(附源码,数据库,教程).zip
03-06
Java 毕业设计,Java 课程设计,基于 SpringBoot 开发的,含有代码注释,新手也可看懂。毕业设计、期末大作业、课程设计、高分必看,下载下来,简单部署,就可以使用。
包含:项目源码、数据库脚本、软件工具等,前后端代码都在里面。
该系统功能完善、界面美观、操作简单、功能齐全、管理便捷,具有很高的实际应用价值。
项目都经过严格调试,确保可以运行!
1. 技术组成
前端:html、javascript、Vue
后台框架:SpringBoot
开发环境:idea
数据库:MySql(建议用 5.7 版本,8.0 有时候会有坑)
数据库工具:navicat
部署环境:Tomcat(建议用 7.x 或者 8.x 版本), maven
2. 部署
如果部署有疑问的话,可以找我咨询
后台路径地址:localhost:8080/项目名称/admin/dist/index.html
前台路径地址:localhost:8080/项目名称/front/index.html (无前台不需要输入)
经纬度计算日出日落时间
05-18
计算日出日落时间需要用到地球的经纬度信息以及日期信息。以下是一个简单的 Python 代码示例,使用了第三方库`astral`来计算日出日落时间:
```python
from astral.sun import sun
from astral import LocationInfo
import datetime
# 设置地点信息,例如北京的经纬度和时区信息
city = LocationInfo("Beijing", "China", "Asia/Shanghai", 39.9042, 116.4074)
# 设置日期信息
date = datetime.date.today()
# 计算日出日落时间
s = sun(city.observer, date=date)
sunrise = s["sunrise"].replace(tzinfo=None)
sunset = s["sunset"].replace(tzinfo=None)
# 输出结果
print("日出时间:", sunrise)
print("日落时间:", sunset)
```
需要注意的是,这个计算方法是基于理论计算的,实际情况可能会受到天气、地形等因素的影响。
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我也是呜呜呜 感谢作者
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abc20220222:
怎么把它怎么按照ont的三种模式标出来去画图
自动批量导出web of science检索结果
qq_16823015:
哥哥的代码,通俗易用,效果不错,对小白友好,适合我这样只有一点点python基础的同学,节省了很多时间,点赞了。
conda安装失败提示Segmentation fault (core dumped)
小莫Go:
1.clean 2.换回默认源后 解决了我的问题, 谢谢
HMMER批量比对及结果处理
练习时长两年半的生信生:
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astral 在英语-中文(繁体)词典中的翻译
astraladjective uk
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/ˈæs.trəl/ us
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/ˈæs.trəl/
astral adjective
(STARS)
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relating to the stars or outer space
星的;星際的;太空的
astral adjective
(FORCES)
[ before noun ] relating to forces that are not known or understood
超自然的
(astral在剑桥英语-中文(繁体)词典的翻译 © Cambridge University Press)
astral的例句
astral
The role of astral microtubules is assisted by dyneins specific to this role.
来自 Wikipedia
该例句来自维基百科,在CC BY-SA许可下可重复使用。
In the astral-theological system he is represented by the number 30 and the moon.
来自 Wikipedia
该例句来自维基百科,在CC BY-SA许可下可重复使用。
Ectopic adepts gain the ability to control more than one astral construct at once at higher levels.
来自 Wikipedia
该例句来自维基百科,在CC BY-SA许可下可重复使用。
Blavatsky also tended to use the word astral indiscrimininately for these supposed subtle physical phenomena.
来自 Wikipedia
该例句来自维基百科,在CC BY-SA许可下可重复使用。
Astral projection is often experienced as the spirit or astral body leaving the physical body to travel in the spirit world or astral plane.
来自 Wikipedia
该例句来自维基百科,在CC BY-SA许可下可重复使用。
While she was trapped in the cave, she was able to create an astral body and venture to the entrance of the cave.
来自 Wikipedia
该例句来自维基百科,在CC BY-SA许可下可重复使用。
Here reigns a blazing heat like in the astral desert.... and here again this longing urge he played the chromatically descending melody line...
来自 Wikipedia
该例句来自维基百科,在CC BY-SA许可下可重复使用。
The story centers on a couple whose son inexplicably enters a comatose state and becomes a vessel for ghosts in an astral dimension.
来自 Wikipedia
该例句来自维基百科,在CC BY-SA许可下可重复使用。
示例中的观点不代表剑桥词典编辑、剑桥大学出版社和其许可证颁发者的观点。
C1
astral的翻译
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US
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/ˈvedʒ.i ˌbɝː.ɡɚ/
a type of food similar to a hamburger but made without meat, by pressing together small pieces of vegetables, seeds, etc. into a flat, round shape
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星体投射 (ASTRAL PROJECTION) 是什么? - 知乎
星体投射 (ASTRAL PROJECTION) 是什么? - 知乎首页知乎知学堂发现等你来答切换模式登录/注册物理学科学冥想星体投射 (ASTRAL PROJECTION) 是什么?谁能解释一下这是什么情况,如何用科学解释该现象?关注者91被浏览99,694关注问题写回答邀请回答好问题 5添加评论分享7 个回答默认排序给DS烧纸Ascending 关注首先,我们可以用科学的语言来解释这个现象,但不一定能用科学来解释,因为人类科学在整个宇宙面前是非常落后的。星体投射就是把灵魂投射到空间中的过程,在这个状态中没有任何束缚,大家可以通过星体投射去到地球任何想要的地方就在一瞬间。在更高级的状态可以穿越过去和未来。astral project这个概念在国外已经火了几十年了,现在国内才开始有,虽然对于佛教和道家来说这些就是出阴魂而已,非常小儿科。但是对于被现代科学洗脑长大的一代人来说还是相当震撼的。对这个敢兴趣的人去 门罗吧 看看,时间有限,说不定这吧过不了多久就封了。希望更多的人能认识到这个世界的实像。发布于 2014-10-07 19:44赞同 2612 条评论分享收藏喜欢收起Rsmazy 关注本人很多次出体经验做了几次清醒梦之后,无意间在贴吧翻到了关于出体的帖子,就一直在研究,后来因为心理暗示,成功体验了很多次星体投射。也做过几次关于贴吧上争议最大的:关于出体是否在物质层的实验。比如:1.出体后我翻开了床头柜上的书,努力记住上面写的字,醒来后发现,桌子上根本没有书。2.打翻桌子上的水杯,撒了一地的水,醒来后发现,水杯好好的放在桌子上呢。还有类似的就不一一举例了,结果很明了了,星体投射,并不是发生在物质层的事情,那是什么呢?可能是出体后来到了一个新的层次,叫做星体层,他与我们所在的物质界不是一个空间,所以互无关联(贴吧上说的)但是,我个人觉得,出体只是一个有灵魂出窍般体验的清醒梦,别的和清醒梦没什么差别。知乎上以及贴吧上很多迷信的,类似于灵魂出窍的说法,什么可以看到旁边的人在看什么书,之类的。我想问:星体投射要真的这么牛逼,军方早就成立星体投射部队,去偷取敌国的讯息了。还有最后一句,那些认为星体投射=灵魂出窍(发生在我们所在的物质界)的人,请问你们如果真的那么np,为什么迄今为止没有一个人验牌成功的?发布于 2019-05-05 07:34赞同 5157 条评论分享收藏喜欢